Il suo nome deriva dal termine Mùrika, che significa roccia nuda, datogli dai Siculi, fondatori del primo nucleo abitato nel XIV sec. a.C..
Ma lo sperono roccioso cu cui la città sorse fu abitato già dall'Età del Bronzo come testimoniato dai ritrovamenti tra i quali spicca il deposito di bronzi (XVI sec.) rinvenuto in città ed ora conservato al Museo Preistorico di Roma.

La città cadde in orbita fenicia prima e greca poi diventando una delle città ostili a Roma durante le guerre puniche (212 a.C.). Annessa alla Repubblica divenne città decumana per poi diventare città stipendiaria in epoca imperiale.
Fu tra le prime città della penisola a subire un processo di cristianizzazione attraverso l'arrivo in Sicilia dei primi apostoli e diffusori della nuova dottrina. A testimonianza di ciò la scoperta di molte catacombe scavate nella roccia e la Grotta dei Santi con immagini di 33 Santi martirizzati a Siracusa nell'ambito delle persecuzioni perpetrate a danno dei cristiani.

Dopo la caduta di Roma ed il passaggio dei Vandali, Modica divenne roccaforte bizantina fino all'arrivo degli Arabi nell'845 che la chiamarono Mudiqah e le fecero conoscere un periodo di splendore e fioritura dei commerci.
Presa dai Normanni con Ruggero I di Sicilia, divenne città regia con il figlio Ruggero II d'Altavilla il quale concesse Modica a Gualtiero II° de Mohac come ringraziamento per le sue imprese militari.
La città poi conobbe il governo degli Angioini (XIII sec.), inviso a tal punto dalla popolazione da portare allo scoppio dei famosi Vespri Siciliani (5 aprile 1282) che infiammarono l'isola per tanti anni. Modica insorse contro i Francesi con a capo Federico Mosca, poi fatto conte di Modica dagli Aragonesi.
Seguirono le signorie dei Chiaramonte (dal 25 marzo 1296) di origine normanna, dei Cabrera che aiutarono l'infante di Aragona Martino il Giovane a conquistare la corona di Sicilia (1392), degli Henriquez-Cabrera nel '600, degli Alvarez de Toledo e dei Fitz-Stuart.
Fortemente danneggiata dai terremoti del 1613 e del 1693 Modica fu ricostruita assumendo l'attuale aspetto architettonico ed urbanistico.

Tantissimi sono i monumenti e luoghi d'interesse culturale presenti in città tra i quali spiccano certamente la Cattedrale di San Giorgio, d'epoca tardo-barocca e protetta oggi dall'UNESCO così come il Duomo di San Pietro, entrambe di fondazione più antica e ricostruite dopo il grave terremoto del 1693.
Molto bello anche il Castello dei Conti anche se mancante di molte parti originarie.

Modica è la città natale del poeta Salvatore Quasimodo, premio nobel per la letteratura nel 1959.