Dallo storico greco Tucidide si sa che la città di Megara Iblea nacque nel 728 a.C. per mano di alcuni coloni greci megaresi. Il nome della città deriva da quello della madrepatria associato a quello di Hyblone, il re siculo che permise ai megaresi l'edificazione di Megara Hyblaea in questo luogo.
Dopo circa cent'anni gli abitanti fondarono a ovest la città di Selinunte.

La città conobbe un periodo di grande splendore nel VI secolo interrotto dall'assedio e dalla distruzione da parte del tiranno di Siracusa Gelone (483 a.C.). Sul luogo venne quindi edificato un castello a difesa della disastrosa spedizione in Sicilia degli Ateniesi (Siracusa (415-413) contro Siracusa.
Megara Iblea venne poi rifondata dal condottiero greco Timoleonte nel 340 a.C. diventando colonia di Siracusa. Fu circondata di mura per difendersi dall'arrivo dei Romani ai quali dovette cedere durante la seconda guerra punica quando venne assediata e distrutta dal console Marcello.

Megara Hyblae galleggiò infine nella storia come centro romano fino al VI secolo d.C..

Nel sito si possono oggi visitare le mura ellenistiche, i resti dell'agorà con i due portici, i bagni ellenistici, l'heroon (tomba dedicata agli eroi), il tempio di Era, i resti di case e le fondamenta di un tempio arcaico.