La maggiore delle Isole Eolie prende il nome da Liparo, re dell'Isola e degli Ausoni (XIII sec. a.C.) che qui arrivarono dalla penisola alla fine del II millennio a.C.
L'isola di Lipari tuttavia era già abitata fin dall'Età Neolitica (V millennio a.C.) ed aveva sugli altipiani di Castellaro il suo maggio centro. Sembra che tanta attenzione fosse riservata all'isola per l'abbondante presenza di ossidiana, un vetro vulcanico che nel Neolitico era preziosa merce di scambio in tutto il Mediterraneo in seguito allo sviluppo della navigazione a vela (VI millennio a.C.).
Prima dell'arrivo di Liparo si succedettero numerose culture: Pianoconte (2700 a.C.), Piano Quartara a Panarea (seconda metà III millennio a.C.), la cultura del Milazzese (XV sec. a.C.) di origine siciliana ed infine l'arrivo di Liparo.
Furono secoli di grandi scontri in quanto la posizione geografica delle Eolie era obiettivo sia per i Fenici che per i Greci. Nell'850 a.C. Lipari venne presa e quasi distrutta e le Eolie rimasero quasi disabitate fino all'arrivo degli Cnidi, provenienti dalla Grecia nel 580 a.C.. I Greci, accolti molto bene dai pochi abitanti dell'isola, costruirono l'acropoli e fortificarono il borgo e, mettendo a disposizione le loro conoscenze marinare, consentirono a Lipari di fiorire commercialmente.
Nel 304 a.C. Agatocle, tiranno di Siracusa, saccheggiò l'isola.
Durante la Prima Guerra Punica Lipari fu alleata dei Cartaginesi e per questo subì l'assedio e la distruzione per mano romana nel 251 a.C..

Seguì un periodo di depressione economica in cui le isole Eolie erano solo luogo di deportazioni e confino e sede di un presidio marinaro nel Castello.
L'isola fiorì nuovamente sotto i Bizantini quando divenne sede vescovile e si sviluppò urbanisticamente.
Si succedettero quindi i Goti (V-VI sec.), i Bizantini (VI-VIII sec.) ed infine gli Arabi i quali devastarono la città deportando tutti gli abitanti nell'838.
Le isole Eolie rimasero disabitate fino 1083 quando i Normanni insediarono i monaci Benedettini nel Castello e questi, per ripopolare l'arcipelago concessero le terre ai pochi abitanti ed anche a chiunque volesse vivere sull'isola. Grazie alla concessione di privilegi fiscali Lipari fiorì nuovamente sotto gli Angioini e gli Aragonesi.
Nel 1544 fu il pirata saraceno Barbarossa ad assediare Lipari ed a distruggere la cattedrale ed il paese deportandone tutti gli abitanti come schiavi.
Seguì la costruzione di nuove mura di difesa ma Lipari dovette aspettare il '700 per tornare a svilupparsi economicamente.
Nel 1860 fu annessa al Regno d'Italia insieme a tutta la regione Sicilia.

A Lipari sono ancora presenti le mura difensive del '500, quelle del '200 ed anche una torre della cinta muraria greca (IV sec. a.C.). Attraverso esse si accede al Castello dove si può visitate la Cattedrale di S. Bortolomeo, edificata prima dai Normanni e distrutta dal pirata Barbarossa, fu ricostruita nel settecento in stile barocco.
Il Castello, la prima area urbanizzata dal Neolitico ai Greci, è occupato per larga parte come sede del Museo Archeologico Eoliano, uno dei musei più ricchi d'Italia: una visita irrinunciabile per una maggiore comprensione della storia delle isole Eolie.