La romanità di Assisi è testimoniata dal tempio di Minerva (ora Santa Maria sopra Minerva, nella piazza principale e ricordato anche in uno degli affreschi con le Storie di San Francesco nella Basilica dedicata al Santo), dai resti del foro, di un teatro e di un anfiteatro, e di una casa con affreschi.
Le sue case medievali, anch'esse gravemente danneggiate dal sisma del ‘97, si stringono, nelle brevi piazze, ai palazzi pubblici (del Capitano del Popolo, Dei Consoli, Dei Priori), al portico del Monte Frumentario (1267) e alle chiese romaniche e gotiche di San Rufino (duomo), Santa Maria Maggiore, San Giacomo, San Giorgio (nel convento di Santa Chiara), Santa Maria delle Rose, San Pietro, Santa Chiara.

Ma il complesso monumentale verso cui tutta la città si protende è la basilica di San Francesco, consacrata nel 1253, con annesso convento. Suggestiva costruzione, consta di due chiese sovrapposte a unica navata, alla cui decorazione concorsero i più grandi artisti del Duecento e del Trecento con cicli di affreschi biblici, evangelici, francescani: da Cimabue (che operò nel transetto nel catino e nelle vele della volta della chiesa superiore e che lascia anche una Madonna e san Francesco in quella inferiore) a Giotto (storie del santo nella navata della chiesa superiore), a Pietro Lorenzetti (chiesa inferiore), a Simone Martini (cappella di San Martino nella chiesa inferiore). Un affresco di Giotto (San Girolamo che insegna ad un Chierico) e uno di Cimabue (San Marco e l’Italia) sono andati irrimediabilmente distrutti sempre a causa del sisma del ‘97. Gli altri affreschi non hanno subito danni irreparabili.

Rinascimentali sono il porticato della piazza San Francesco, gli oratori di San Bernardino e dei Pellegrini, la ricostruita casa dei Maestri Comacini, le fonti Marcella e Oliviera. Del XVII sec. sono i palazzi Bernabei, Giacobetti e Vallemani, e la Chiesa Nuova.

Notevoli il Museo civico archeologico, sistemato nella cripta romanica di San Niccolò; la Pinacoteca comunale nel palazzo del Comune; il Museo capitolare con il trittico di Niccolò Alunno, preziosi affreschi trecenteschi staccati dalla chiesa di San Rufinuccio, nonché oreficerie e parati; il tesoro del sacro convento di San Francesco; il Museo della basilica di Santa Maria degli Angeli (celebrato e amato luogo di pellegrinaggio perché in essa è contenuta la Porziuncola, costruita nel XII sec. è stata il primo oratorio di San Francesco e dei suoi confratelli nel 1209, ma anche il luogo in cui il Santo morì nel 1226) con la croce dipinta di Giunta Pisano e altre opere.